Thủ phủ của Lãnh thổ Quần đảo Cocos (Keeling) là West Island (đảo Tây). Nền hành chính của quần đảo dựa theo Đạo luật Quần đảo Cocos (Keeling) năm 1955[3] và phụ thuộc sâu sắc vào luật pháp của Úc. Bộ Vùng Úc, Chính quyền địa phương, Nghệ thuật và Thể thao (Department of Regional Australia, Local Government, Arts and Sport) quản lý quần đảo[4] thông qua một Người quản lý (không sống ở quần đảo) do Toàn quyền Úc chỉ định.

Người quản lý hiện thời của quần đảo Cocos (Keeling) là Brian Lacy - người được chỉ định vào ngày 18 tháng 9 năm 2009. Ông đồng thời cũng đang nắm chức quản lý đảo Christmas. Bộ Vùng Úc, Chính quyền địa phương, Nghệ thuật và Thể thao có trách nhiệm bao quát đối với quần đảo bao gồm cả cung cấp dịch vụ công cấp liên bang nhưng chính quyền Tây Úc là người thực hiện các thoả thuận cung ứng dịch vụ.[4] Căn cứ theo Đạo luật Cải cách Luật Lãnh thổ năm 1992 của Chính phủ liên bang (có hiệu lực từ 1 tháng 7 năm 1992) thì các sắc luật bang Tây Úc được áp dụng cho quần đảo Cocos, "miễn là chúng áp dụng được tại lãnh thổ này";[5] việc không áp dụng hay áp dụng một phần các luật này là tuỳ thuộc ý chí của Chính phủ liên bang. Đạo luật 1992 cũng trao cho toà án bang Tây Úc quyền tư pháp đối với quần đảo Cocos (Keeling). Dù quần đảo vẫn độc lập với bang Tây Úc nhưng quyền lập pháp của bang Tây Úc đối với quần đảo này là quyền được Chính phủ liên bang giao phó.

Ngoài ra, Hội đồng Quận Quần đảo Cocos (Keeling) là một thể chế một viện gồm bảy ghế. Mỗi quan chức có nhiệm kì đầy đủ kéo dài bốn năm thông qua cuộc bầu cử hai năm/lần; xấp xỉ một nửa số thành viên hội đồng nghỉ hưu sau mỗi hai năm. Xét ở phương diện liên bang thì quần đảo Cocos (Keeling) cùng với đảo Christmas và Lãnh thổ Bắc Úc xa xôi hợp thành khu bầu cử Lingiari.

Lực lượng cảnh sát tại quần đảo gồm năm người, trong khi việc phòng thủ quần đảo vẫn là trách nhiệm của chính phủ Úc.[1]